หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาจุลชีววิทยา ได้พัฒนามาจากหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต โปรแกรมวิชาชีววิทยาประยุกต์ (จุลชีววิทยา) ซึ่งได้เปิดสอนในคณะวิทยาศาสตร์ สถาบันราชภัฏอุบลราชธานีมาตั้งแต่ปี 2537-2547 จวบจนกระทั่งสถาบันราชภัฏอุบลราชธานี ได้ยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยราชภัฏอุบลราชธานี ในปี พ.ศ. 2547 จึงได้ปรับปรุงหลักสูตรใหม่เป็นหลักสูตรวิทยาบัณฑิตสาขาวิชาจุลชีววิทยา ในปีการศึกษา 2548 หลักสูตรได้รับการพัฒนาและได้ปรับปรุงหลักสูตรให้มีความทันสมัยอย่างต่อเนื่อง โดยมีการปรับปรุงหลักสูตรในปีการศึกษา 2553 และ 2558

          สาขาวิชาจุลชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยราชภัฏอุบลราชธานี มีสถานที่ตั้ง ณ อาคารศูนย์วิทยาศาสตร์ (อาคาร 9) และอาคารวิจัยและพัฒนาภูมิปัญญาท้องถิ่น (อาคาร 9A)